1、找寻DNA上中上游有促进作用的DNA
在找寻DNA上中上游促进作用的DNA最有效率也是最加速的方式就是透过KEGG中文网站。总之该方式须要足够多的冷静与细致入微才能找出全数的DNA。
具体来说在KEGG网页(http://www.kegg.jp/ )中搜寻你高度关注的DNA的英文名字,譬如SNAI,搜寻结论展现如右图:
能查阅到SNAI相关联的DNA会有四个相关联的DNA英文名字,其中能更为精确的搜寻你所高度关注的DNA。
接着依序步入有关的搜寻结论并查阅搜寻结论其相关联的孔道重要信息,以某个搜寻结论为实例展开展现,点选步入某个搜寻结论,能查阅到有许多结论里头是有Pathway的重要信息,有许多是没有孔道重要信息的,难道他们高度关注的是上中上游SMF的DNA,因此步入有关Pathway查阅上游有关DNA方可。总之DNA注解到的孔道也有许多类别,该SNAI1DNA就注解到Hippo signaling pathway和Adherens junction三种孔道,高度关注于有种孔道就是你高度关注该DNA的什么样机能了。
右图实例的为搜寻结论的展现。
重新加入高度关注该DNA在Adherens junction孔道的促进作用,以步入hsa04520为例,能获得两张总体的孔道结论图,他们在最开始搜寻的DNA会在孔道中以黄色表明。
标示为黄色slug为他们搜寻的DNA,能展开点选查阅,为SNAI1DNA,透过前述截屏能看见,上游的DNA为TGFBR和FGFR1,反之亦然能步入该DNA词条展开查阅DNA的详尽重要信息。反之亦然也能查阅到上游的DNA梦境DNA的有关重要信息。
2、找寻四个未知DNA间的SMF亲密关系DNA
在未知四个DNA间存有的其它SMFDNA的亲密关系的操作过程中,在这儿向我们所推荐一个较为新颖邮箱,BioGraph(http://www.biograph.be/ ),该中文网站能呈现出四个DNA间详尽的SMF亲密关系和有关孔道的详尽重要信息。
以前述SNAI1DNA和FGFR1DNA为范例,在左下角的部份输出高度关注的四个DNA
获得如下表所示搜寻界面,会根据你输出的DNA展开有关搜寻,获得所有的是搜寻结论并且须要你选择实际须要的DNA或compound等等重要信息,这儿他们高度关注的都是DNA,因此都选择DNA,之后展开下一步。
接着就会获得该DNA间的相SMF用涉及到的生物学操作过程等的重要信息。实例如下表所示
结论以一个层次亲密关系分明的树状图展现,由于他们搜寻的为相SMF用的上中上游有关DNA,因此两者间的相SMF用亲密关系均为生物学操作过程。如果他们搜寻的不是上中上游这种直接相SMF用的DNA亲密关系,而是四个有相SMF用亲密关系,并且中间可能还有其它促进作用DNA,那么该DNA也会在该网络图中有所展现。
反之亦然的,这种SMF亲密关系的预测也是有概率性,即四个DNA在该种操作过程中有可能发生SMF的可能性有多大,该结论也会在该网络图的下面Edge展现:
能看见每种亲密关系的概率Probability结论。
其实找寻DNA间SMF亲密关系的方式并不只有这三种,有许多生物学中文网站须要他们我们共同去挖掘,去探索,加强生物学重要信息分析方面的技巧并且丰富各方面的知识,只有这样,他们才会在这纷杂的社会中站稳脚跟,开拓未来。
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